Ascendido a alférez de fragata el 22 de agosto de 1770, embarcado en el navío Atlante fue a Ferrol, donde pasó a una fragata para hacer viaje a Puerto Rico, hasta su regreso a Ferrol al año siguiente. Volvió a Cádiz en el navío América.
En la fragata Industria salió de Cádiz con un cargamento de azogue en 1772 con destino a El Callao, donde realizó varias comisiones en la mar y en tierra. Estuvo allí destinado en el navío Peruano en 1773. El 28 de abril de 1774 fue ascendido a alférez de navío y destinado en la fragata Águila, efectuando varias campañas de exploración y cartografía. En los dos años siguientes estuvo destinado en Lima, embarcado en el navío Astuto y cumpliendo otros servicios en tierra.
Se le ascendió a teniente de fragata con fecha del 16 de marzo de 1776, regresando a Cádiz con el Astuto el 12 de agosto de 1778. El 23 de mayo del mismo año fue ascendido in absentia a teniente de navío, embarcado en el navío Santa Isabel.
Ascendido al grado de capitán de fragata el 16 de septiembre de 1781, se le otorgó su primer mando en la fragata Nuestra Señora de la Asunción, con la que navegó hasta la paz de 1783, perteneciendo a la escuadra del general Luis de Córdoba. Con la misma fragata hizo tornaviaje con destino a las islas Filipinas para llevar la noticia de la paz, regresando a Cádiz al año siguiente. Precisamente, cuando regresó a Cádiz desde las islas Filipinas en 1784, redactó una Memoria sobre el modo de forrar en cobre los buques.
El 28 de febrero de 1788 fue ascendido a capitán de navío y obtuvo al año siguiente el puesto de mayor general de la escuadra de evoluciones al mando del general Tejada, embarcado en el navío de línea San Telmo.
En 1790 dirigió las obras para reparar y ampliar los muelles del puerto de Tarragona. En 1793, al mando del San Francisco de Paula en la escuadra de Borja en el Mediterráneo, participó en las operaciones en torno a Cerdeña, pasando después con el mismo navío a la escuadra del general Juan de Lángara en la toma de Tolón en unión de la escuadra inglesa del almirante Hood.
El 1 de febrero de 1794 fue nombrado brigadier y recibió el mando del San Francisco de Paula, tomando parte en la escuadra de Gravina en las operaciones de la bahía de Rosas hasta su evacuación en el mes de febrero del año siguiente.
En 1796 se puso al mando del navío San Agustín al comenzar una nueva guerra contra los británicos. Uno de los hechos más sobresalientes de la biografía de Ruiz de Apodaca fue su odisea al mando de este navío. El 13 de febrero de 1797 se encontró rodeado por la escuadra de Jervis en cabo de San Vicente, contando también con el bergantín Atocha, pero, aprovechando la niebla del amanecer, escaparon rumbo al norte y entraron en la ría de Vigo. En el mes de julio de ese año, entraron en la ría dos navíos, tres fragatas y dos bergantines británicos al mando del comodoro Samuel Hood. El británico pidió al brigadier Apodaca que se rindiera y entregara el navío, el bergantín y los demás buques que en ese momento se encontraban en el puerto de Vigo.
Lejos de amilanarse, Apodaca dejó que el parlamentario británico observara las defensas que estaba preparando. La escuadra británica, abandonando sus planes de ataque, emprendió la salida de la ría, mientras el brigadier español, no contento con lo que había conseguido, mandó perseguirlos y logró represar un bergantín español que había tomado el enemigo cargado de provisiones.
El gobierno ordenó al brigadier que pasara a Ferrol. Aunque sabía que el departamento estaba bloqueado por una escuadra británica, zarpó de Vigo y burlando su vigilancia entró en Ferrol con el San Agustín, desarbolado del mastelero de gavia y tuvo que entrar en dique por el mal estado en que se encontraba.
Después recibió la orden de ir a Cádiz para ponerse al mando del navío Mejicano en la escuadra de Mazarredo. Posteriormente se le otorgó el mando del Reina María Luisa, perteneciente a la escuadra del general Nava. Realizó cruceros frente a Argel, se dirigió a Liorna para traer a España a los reyes de Etruria y fue ascendido a jefe de escuadra el 2 de octubre de 1802.
En el mes de julio de 1803 volvió a encargarse del arsenal de Cartagena, en el que ya había ocupado ese cargo en 1797. El 24 de marzo de 1807 se le concedió el mando de la escuadra del Océano, rindiendo al año siguiente a la escuadra francesa surta en Cádiz, mandada por el almirante Rosily.
Se le ascendió a teniente general el 23 de agosto de 1809, y en enero del mismo año Apodaca había sido enviado a Londres para entablar negociaciones de paz y crear una alianza para luchar contra el invasor francés (Tratado de Londres de 14 de enero de 1809). Regresó a Cádiz de su misión diplomática en Londres. Todo esto le valió unas singulares muestras de aprecio por parte del Gobierno y del Rey del Reino Unido, que le dio muestras ostensibles de ello al dejar el cargo el 15 de junio de 1811.
Juan Ruiz de Apodaca desarrolló una política de conciliación, gracias a la cual consiguió pacificar el territorio y con ello se restableció el comercio, al tiempo que se intensificaron las actividades agrícolas y mineras. No obstante, en 1817 tuvo que encarar el rebrote insurgente encabezado por el guerrillero español Francisco Xavier Mina, quien, después de una breve campaña, fue capturado y fusilado. El virrey continuó con la política de perdón, de modo que en tres años consiguió que abandonaran la lucha casi 60 mil insurgentes. En 1821 las cosas cambiaron radicalmente. En España había sido restaurada la Constitución de Cádiz, cuyas disposiciones afectarían a los españoles y criollos adinerados que vivían en México. Éstos organizaron una conspiración que designó al coronel Agustín de Iturbide comandante en jefe de un movimiento independentista que, de manera rápida e incruenta, cundió por el país. El virrey atacó tibiamente la insurrección, lo que provocó el descontento de los últimos oficiales leales al monarca, quienes lo relevaron del mando.
